Comment sécuriser sa comptabilité en cas de contrôle fiscal ?

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Pour tout dirigeant, l’idée d’un contrôle fiscal peut être source de stress. Pourtant, avec une organisation rigoureuse et des outils adaptés, il est tout à fait possible de sécuriser sa comptabilité et d’aborder cette étape avec sérénité. Ce travail de fond permet aussi de mieux piloter son entreprise au quotidien, tout en restant en conformité avec l’administration fiscale.

Pourquoi anticiper est essentiel en comptabilité ?

Un contrôle fiscal peut survenir à tout moment, parfois sans préavis. L’administration vérifie alors vos déclarations fiscales et la conformité de votre comptabilité. Si vos documents sont bien tenus, classés et disponibles, le contrôle se passe souvent rapidement et sans conséquences.

À l’inverse, des erreurs ou des manquements (documents manquants, incohérences, fichiers non conformes) peuvent entraîner des pénalités voire un redressement.

Quels outils pour sécuriser sa comptabilité ?

Voici les éléments clés à mettre en place pour sécuriser vos données comptables :

• Un logiciel comptable conforme aux exigences de la DGFiP (avec génération du fichier FEC notamment)
• Une organisation numérique claire : classement par dossier, datation, nommage homogène
• Un archivage légal : factures, relevés bancaires, notes de frais, etc. conservés au minimum 10 ans
• Des sauvegardes régulières et idéalement un stockage sécurisé dans le cloud
• Un expert-comptable qui centralise et supervise votre comptabilité

Le fichier FEC : indispensable et à ne pas négliger

Lors d’un contrôle, l’administration exigera systématiquement le FEC (Fichier des Écritures Comptables). Il s’agit d’un export structuré, au format texte, de toutes les écritures comptables de l’entreprise.

Il doit être :

• Extrait depuis un logiciel certifié
• Conforme au format imposé (avec toutes les colonnes obligatoires)
• Non modifiable

Un FEC non conforme ou non remis dans les délais peut entraîner une amende de 5 000 € ou une taxation d’office. Il est donc crucial de vous assurer que votre logiciel est à jour ou que votre expert-comptable maîtrise parfaitement sa génération.

Bonnes pratiques au quotidien pour rester prêt

Voici quelques réflexes simples à adopter chaque mois pour garder une comptabilité en ordre :

• Saisir régulièrement vos pièces (factures, achats, notes de frais…)
• Conserver tous les justificatifs dans un outil ou dossier partagé
• Vérifier vos soldes comptables avec votre expert
• Préparer une procédure simple de transmission des documents (par e-mail ou via un outil dédié)

À lire aussi

➡️ Comment bien préparer un contrôle fiscal dans son entreprise ?

Pour aller plus loin

Le site officiel impots.gouv.fr détaille les obligations comptables et fiscales des entreprises, notamment la réglementation autour du FEC et de la conservation des documents.

Antonin Faure – Team Khompta
15 septembre 2025